万方本科查重和知网查重在查重原理、覆盖范围、准确性等方面存在一定差异。万方本科查重主要以期刊论文为主，覆盖范围较广，准确性较高；知网查重则更专注于学位论文和硕博论文，准确性也很高。因此，选择查重工具时需根据具体需求来决定。

此外，万方本科查重和知网查重在使用上也有所不同。万方本科查重通常需要购买使用权限，费用较高，但提供的服务也更全面；而知网查重则通常由学校或机构购买，个人用户使用较为受限。因此，用户在选择查重工具时，还需考虑到自身的实际情况和需求。